高鐵5月25日凌晨執行自動列車控制設備（ATC）、聯鎖系統（EI）中期檢修之轉轍器控制機箱電源模組更換，首度發生號誌訊號異常，高鐵緊急取消按時刻表發車改採全車自由座列車開行因應，造成嚴重延誤。據《ETtoday》報導，立法院交通委員會（4日）邀請交通部部長陳世凱、交通部鐵道局局長楊正君及台灣高速鐵路股份有限公司董事長史哲就「5月25日高鐵班次嚴重誤點事件」進行專題報告，並備質詢。
據高鐵公司規定，誤點逾30分鐘可退半價，延誤逾60分鐘可全額退費，且免手續費。高鐵公司統計，5月25日原公告表定班次為156班，實際營運班次為122班，全日共減少43班。全天延誤大於5分鐘的班次有113班，其中15班誤點31分至60分鐘，39班誤點超過60分鐘以上。此外，全天18.4萬旅客中被誤點超過5分鐘的旅客約有11萬4,908人。受此事影響，當天達遲延退費之旅客人數約6萬6,161人，高鐵公司估計可辦理退費金額為3,525萬9,441元。
針對5月25日當日因運轉變更，台灣高鐵說明，持有手機票證但當日未搭乘之旅客，將可透過高鐵智慧客服辦理線上退費，款項將退回原信用卡，預計在1個月內可實施。為釐清異常原因，「轉轍器控制機箱」電源模組全線458組已完成371組更換，整體作業計畫預計2027年底完成，尚未釐清事件，已暫停執行此轉轍器控制機箱電源模組更換專案後續工作；後續將由原廠、第三方與高鐵公司組成調查小組分析、調查。
