高慧君最初只是化妝時發現雙眼高低不一，隔天醒來便出現嚴重複視；為找出病因，她先後求診家醫科、神經內科、新陳代謝內分泌科、風濕免疫科與眼科，歷經5個科別、3家醫院及多次檢查，才終於確診TED甲狀腺眼病變。在持續追蹤、待病情與斜視角度穩定後，高慧君於2024年接受斜視矯正手術改善複視，半年後再陸續接受眼窩減壓以及上下眼瞼矯正手術，才逐步改善左眼功能與雙眼外觀的對稱性。目前甲狀腺功能已恢復正常，近期卻換另一眼發作。她感嘆：「同樣的歷程還要再經歷一次。」她打算等9、10月舞台劇結束演出後再諮詢醫生，評估是否要進行手術。
高慧君患病後，演舞台劇時她會戴大一點的瞳孔放大片，克服複視狀況、平衡兩邊視力。拍哭戲也不影響，頂多因為眼球太凸，哭太多隱形眼鏡容易脫落。由於現在仍有視差，晚上出門或有高低起伏之處得特別放慢腳步，小心走路。她透露妹妹高蕾雅現在也有一點大小眼，有些替她擔心，妹妹最近去驗血，只是血檢還沒出來，而另一位在日本的妹妹，也有甲狀腺結節狀況，不知是否為家族遺傳，只是媽媽去醫院檢查，並未有相關症狀。
另去年底她突然在家裡昏倒，撞到臉骨骨折，就算去血檢也查不出原因。不過近期她做整復，師傅說她第一節頸椎關節有點扭曲，「像是平常看手機低頭，造成移位，這東西位置不對就會賭塞氣血，影響腦的運行、壓迫神經。」目前只能推測是這個原因，她說上次昏倒沒有徵兆，完全是斷片式的昏倒，一張開眼就看見大家圍在她身邊，在這樣疾病混雜多元的狀況，高慧君鼓勵大家多跟身體對談。
高慧君把治療期間的苦痛，以禱告「丟出去」，其實出道20幾年的她，早經歷大風大浪，對人生起伏已經習慣，但在眼病病發前，她接連遭遇爸爸離世、媽媽生病得費心照顧，的確陷入一段低潮。她把壓力變成考驗，有很強烈的宗教信仰支撐，「不只是單一工作壓力，還有生活壓力，我將治療的痛苦交給上帝，每次禱告都丟給祂。」
