這場風暴的源頭是林口長庚醫院上週三爆發急診醫師出走潮，長庚高層只說未批准一張辭呈，但估計至少有46名長庚醫院急診醫師將出走，基隆長庚醫院急診科更面臨倒科危機，風暴往南延燒，雲林長庚醫院7月1日起，沒有專任急診科醫師，只能改由內外科醫師輪流支援。
原本只是林口長庚醫院急診醫生出走潮，卻漫延全台，讓台塑創辦人王永慶創立的長庚醫院面臨史上最大危機，衛福部直言，一旦長庚醫院的8月評鑑未過，將從「醫學中心」降格成為全台最大的「區域醫院」，健保給付也將縮減。
會引起這場白色巨塔風暴，據知情人士透露，去年王瑞慧上台後，以經營企業角度推動長庚醫院改革，大刀砍向不賺錢的單位，年虧兩億元的急診成為王瑞慧的首要改革對象，長庚大老曾暗示王瑞慧，推動合理化改革很好，「但長庚的『理』是把病人的利益和健康放在優先，並非院長或董事長的『理』。」
長庚大老指出，台灣過去沒有急診專科，長庚效法美國引進急診專科制度，引來當時衛生署、大牌醫師反對，投入的醫師也不一定可以拿到專科主治醫師執照，但這些醫師都甘冒風險，為使命感決定推動，獲得台塑創辦人王永慶的大力支持，「當時創辦人（王永慶）說，即使設急診專科主治醫師的薪水費用高，也要不計任何成本和代價推動。」
但作風強悍、走自己路的王瑞慧為改善績效，並沒有將大老建言聽進去，去年上任後就想縮減賠錢的急診和觀察室，今年6月10日，院方不只免職林口長庚急診醫學部部主任陳日昌，和林口長庚急診室主任邱德發，其他4個急診主任還被以行政小瑕疵記過，被迫卸下行政職。
其中，陳日昌在長庚30年，一手建立長庚急診部，而且今年7月就要退休，卻突然遭到免職，「管理層的作法太粗暴，讓人看了心寒。」一位長庚醫生表示。
長庚大老說，王瑞慧和王永慶創辦宗旨背道而馳，當初王永慶因為父親王長庚來不及就醫，才決定要創辦長庚醫院，「即使超收病患，每年超過30億元要自己吸收，創辦人仍指示病人到醫院一定要收，要保障病患的權益。」
長庚大老直言，當初創辦人尊重醫師的精神已蕩然無存，王永慶相當禮遇醫師，讓台塑老臣相當吃味，「創辦人和台塑主管只在會議室見面，但會見醫生卻在貴賓室，每週日還在家和醫師聚餐，這些醫師都是一個個拜託來的，創辦人認為，尊重才是維繫雙方關係的重要關鍵。」
