調查局與菲國緝毒署(PDEA)於2006年間即簽署「反毒合作瞭解備忘錄」,另與菲國國家調查局(NBI)及國家警察總署(PNP)密切合作,每年均舉辦高層互訪、教育訓練及專案研討會,兩國對於緝毒情資交換也相當密切。
本刊調查,近3年來,菲律賓因台灣調查局提供情資至少破獲毒品案件8案,查扣安非他命毒成品逾300公斤、半成品12公斤、原料逾7,000公斤及大批製毒設備,逮捕台籍嫌犯5人、中國大陸籍嫌犯11人,其中2人因拒捕當場遭擊斃,另逮菲籍嫌犯4人,菲國嫌犯中還有1人是菲國緝毒單位處長級的官員。
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檢調人士指出,台菲雙方合作緝毒成果豐碩,除了調查局外,菲國與我國刑事局近3年共合作偵破3案,與海巡署合作偵破1案,合計我國執法機關近3年與菲國合作共偵破12件毒品案,台灣與菲國是緝毒夥伴關係,無法接受杜特蒂不實指控台灣是菲國毒品來源國。