同樣也是教會體系的馬偕醫院，和宜蘭普門醫院也爆出糾紛，鬧上法院，馬偕醫院和宜蘭普門醫院2017年合作簽約，宜蘭普門隔年更名為「宜蘭普門醫療財團法人員山馬偕醫院」，馬偕醫院去函要求普門醫院改名，迄今宜蘭普門醫院仍掛馬偕分院，雙方迄今仍在纏訟。
另一個爆出健診糾紛的則是台北榮總醫院，林芳郁擔任北榮院長期間和長德醫療顧問合作，2011年成立全人美為健檢單位，林芳郁2015年卸任後，北市衛生局和監察院收到檢舉函，院內爆出內鬥爭議，全人美也遭關閉，後來，長德醫療顧問對北榮提告，2017年時，判賠長德1億元。
位在南部的南霸天高醫也屢傳糾紛，高醫2010年改選院長，董事會和高醫大不同調，一度產生紛爭，直到教育部發函要求盡速解決，最後才由吳俊仁接任；去年高醫大改選校長，高醫大校友會也槓上董事會，分別意屬不同人選，遭教育部糾舉，迄今高醫大校友會和董事會仍紛爭不斷。
