因尼調查人員於25日公布長達353頁的最終調查報告，在記者會上表示「就我們目前所知，事故有9大原因，其中任何一項沒發生，事故可能不會造成。」
事故原因包括，起飛前就發現駕駛艙出現問題，當時班機就應該宣布停飛，但相關人員未記錄有問題，因此未修復故障的情況下就照常起飛。
美國佛羅里達州的修理商購買的重要傳感器並未通過適當的測試，傳感器會將訊息反饋到飛機的「操縱特徵增益系統」（MCAS），以防止飛機失速，也是獅航和衣航2起空難的調查重點。最終調查報告發布當天，美國航空監管公司撤銷了對這家公司的認證。
調查人員發現，「操縱特徵增益系統」會下壓車頭，導致飛行駕駛不容易操控。
空難前，當時負責駕駛飛機的副駕在本來應該非常熟悉的操作程序中卡關，事後被發現這名副駕的培訓表現不佳。當時機長把飛機控制權交給副駕，並未向副駕充分說明，空難發生當時正是由副駕負責控制。外媒指出，雖然機長無法應付異常的系統，但有足夠的能力讓飛機持續保持飛行。
此外，報告指出波音737的維修紀錄有長達31頁的缺失，認為機械和設計缺陷是印尼獅航空難的關鍵原因，波音無疑將負起最大責任。獅航空難的調查人員建議波音重新設計「操縱特徵增益系統」，並在飛行員與培訓手冊上提供更充分的訊息，波音則聲稱，已採取行動提高737MAX的安全性，預計明年初重返飛航。
