台北獨立董事協會籌備過程引起不小騷動，因為連日來，包括主管該協會設立的台北市社會局收到申訴書，內容大意是指稱設置獨立董事目的事業主管機關在金管會，台北獨立董事協會卻跑到台北市申請成立，有迴避中央審查之嫌。
此外，該協會許多幹部都是香港獨立董事協會所指派，台北獨立董事協會恐成為香港獨董協會的「台北分會」？連發起人代表的毛治國、蕭子昂、邱育揚及周宏雋等人都被內部質疑沒有獨立董事資歷。有該協會的發起人表示，協會應以專業掛帥，而非政治掛帥，由不具獨董資歷的人來籌組獨董協會，而且還沒召開會員大會就已經內定為理事長、祕書長等職務，引起台北獨董協會發起人的熱議與不平，表示不公平。
不過，本刊查證時，毛治國向本刊說，他有擔任過獨立董事的資歷，但本刊進一步追問是在哪家公司擔任過獨董？毛治國沒明說，僅強調「我當然當過獨董，這一切都還在過程中」即掛掉電話，經本刊查證，毛過去未曾有擔任過獨立董事職務的資歷。
此外，該協會強調，近期將召開籌備大會，主管機關社會局也會派員出席，等到會議完成後，還會再召開會員大會，屆時會再對外公開協會成立的理念。
今年初成立的中華獨董協會，協會理事長駱秉寬曾是香港獨董協會的副會長，駱秉寬年初曾寫信向香港獨董協會會員直言，因香港獨董協會希望中華獨董協會有1/3理監事由香港的理監事擔任，且香港的會長要出任台灣的榮譽理事長，加上協會大部分理監事都反對，認為協會應有其自主性 ，因此請辭副會長職務。
