柯文哲日前受訪時表示，邱毅列新黨不分區看起來就像共產黨提名的，並認為，邱毅可以在國民黨提名，也可以在新黨提名，表示國台辦對這兩個黨的控制力還不錯。對此，邱毅今與新黨發言人王炳忠、律師陳麗玲前往台北地檢署按鈴控告柯文哲涉嫌刑法誹謗罪及違反公職人員選舉罷免法意圖使人不當選。
邱毅表示，柯文哲無憑無據汙衊他和新黨，不僅是對他的污辱，也是對新黨的攻擊，柯文哲明明知道被抹黑抹紅的痛苦，卻無法用同理心對他人，轉而對無辜者抹黑抹紅。
柯文哲今受訪時回應，自己絕對沒有意圖使人不當選，表示自己「只是比較老實而已」，對於邱毅改列新黨不分區再表示「可以同時影響國民黨跟新黨的幕後老闆，這個猜也猜得到啊」，他認為中國一定會對台灣有動作，重點是台灣要有所準備，整個國家的防護體系還是要做，而是不是一直喊口號，並表示「每天喊賊來了、賊來了，問題是你也不裝保全的設備、不加鐵窗，什麼都不做，那每天在喊賊來了，沒有用」。
