讀者指出，三倍券官網上線後，在常見問答頁面原有一題「高鐵、台鐵或北捷，具使用期限的回數票及1,280定期票，是否適用？」答案是「1.可以使用三倍券購買高鐵及台鐵具使用期限之回數票。2.北捷1,280定期票，可累計三倍券消費額度。」
不過，昨天他再上三倍券官網，卻發現該題問答已更改題目為：「台鐵具使用期限的回數票或北捷1,280定期票，是否適用？」答案也改成：「1.可以使用三倍券購買台鐵具使用期限之回數票。2.北捷1,280定期票，可累計三倍券消費額度。」高鐵的部分已全數消失。
讀者抨擊，行政院官網公布的問答已普遍被新聞媒體引用，許多網路新聞都仍標註三倍券可購買高鐵的回數票，甚至許多地方政府網頁都引用，如今官網內容已更動，若有民眾不察前往高鐵站購買高鐵回數票而遭拒，豈不是政府擾民？他也認為，既然台鐵回數票可以購買，為什麼高鐵不行？實在不合理。
對此，經濟部官員回應，因高鐵公司認為購買回數票屬於儲值行為，三倍券不能適用，因此修改問答頁面文字。
