但當時地方傳言，吳善九與該宮廟人員曾計畫一起進軍大陸市場，最後因理念不合拆夥，吳善九因此損失3,000萬元，還曾撂話絕不會輕易饒過該宮廟，甚至對外宣稱：「即使我死，也要整垮○○○！」雙方決裂後，原本廟方委託吳善九協助辦理環境影響評估事宜，吳卻藉故阻擋環評，導致廟方工程停擺，讓彼此關係更為惡化，最終才引發殺機。
至於幕後藏鏡人吳信中，當時正與該宮廟主委之女交往，為了在準岳父面前展露自己的實力，才主動請纓說要教訓吳善九。
警方在偵辦過程中也發現，案發當年3月，吳信中與王躍凱、藍家偉計畫犯案之後，每天都會與女友通電話，女友還曾匯了80萬元給吳信中，另外也有其他資金往來，但宮廟主委到案之後，矢口否認與吳善九命案有任何關連，由於警方查無直接證據，主委最後全身而退。
針對這起震驚全台的議員命案，法院最後依共同殺人、持有手槍等罪，將王躍凱判刑20年，吳信中判刑19年定讞，要他們為自己的犯行付出代價。
