徐巧芯去（2020）年12月公布指揮中心未公開的紐籍機師疫調足跡，質疑中央不夠公開透明，遭指揮中心揚言提告、請政風處調查；周玉蔻及鄭文燦近日也搶先指揮中心公布染疫醫護足跡，指揮中心卻僅表達會更正錯誤訊息，遭外界質疑雙標；指揮官陳時中解釋，是根據法制組意見為主，且中央也未處分徐巧芯，所以沒有雙標。
柯文哲今緩頰表示，不能怪陳時中，他人在江湖，身不由己，已經打了1年防疫戰，「辛苦他了」，每天壓力都很大，台灣能夠撐到這裡，陳時中有功勞；而衛福部對於公布足跡的標準，就是可以控制的就不公布，不能控制的才要通知人民注意，但柯文哲說，「學術上常常有一家之言，你覺得可以控制，別人看覺得不可控制。」
柯文哲指出，他一開始就主張疫調要公開透明，才能省去麻煩，畢竟這些都是行政成本，而政治原則就是簡政輕稅；並表示「民粹政治」是台灣一大問題，雖然不是一天就能矯正過來，但希望台灣能越來越理性務實。
