歷任軍情局長都將正聲上繳的資金，用於祕密情報任務、失事情報員遺屬照顧等，不過，2002年薛石民接任軍情局長後，擔心這筆錢會有爭議，下令正聲自行保管、列帳待查，並研議如何處理正聲的股權，直到余連發接任局長後，才計畫成立基金會持有正聲股權。2005年正聲上繳軍情局的金額已累積超過2億元，十分可觀。
2006年《廣播電視法》修正，規定黨政軍勢力退出媒體，軍情局也開始移轉正聲股權，以借名登記方式給部分同仁及眷屬，這些人也都簽下切結書，強調個人名下的正聲股權是軍情局所有，並同意軍情局全權處理。
後來，軍情局將正聲6千多萬元現金股利及股權，全數捐給前副局長、時任正聲董事長楊天長等人成立的漢儒基金會，再把剩餘款項繳回國庫，正式將正聲的密帳專戶結清；5年後漢儒又撥出部分款項及31％正聲股權，另外成立華儒基金會，2個基金會自此掌握原本由軍情局持有的所有正聲股權。
漢儒基金會成立後，時任軍情局長葛廣明從楊天長口中得知，正聲電台代管的餘額還有370萬元，於是要求楊上繳，並從中拿出45萬元給情報員遺族、離退人員當春節獎金，還捐贈給泰北地區的學校。後來葛被檢舉貪汙，遭法院依照「公務員侵占公有財物罪」判刑2年半，軍情局就是根據此判決，主張當時捐給漢儒基金會的錢是公款。
知情人士告訴本刊，法院當年審理葛廣明案時，調出不少軍情局與正聲電台、2基金會往來的公文，包括推薦退將任職電台及基金會、年度盈餘決算分配，甚至翻出數十份正聲股權借名登記的切結書，證明確由軍情局出資持股。諷刺的是，這些簽過切結書的退將，獲軍情局推薦轉任正聲電台肥缺後，竟改口辯稱：「軍情局從未持有正聲股權！」
該人士表示，2基金會成立初期，軍情局仍實質掌控電台及基金會，但基金會及正聲電台負責人的派任，後來卻從原本內部行文簽辦便可敲定人選，逐漸轉為口頭推薦人選，再由基金會及正聲董事會選任，掌控力道已大不如前。
