除了京華城與侵占政治獻金案，北檢更悄悄啟動偵辦柯在台北市長任內發包的第一果菜及萬大魚類批發市場（魚果市場）改建工程弊案，發現2019年7月8日魚果市場第一次招標流標當晚，柯與時任北捷董事長李文宗一同到威京集團總部3樓，密會沈慶京長達2小時50分，是否與市府重新招標及中工集團以低價搶得魚果市場標案有關？專案小組正加速偵辦中。
12月20日，台北地方法院針對台灣高等法院撤銷發回柯文哲等4人交保案開庭審理，最後裁定柯文哲7千萬元交保、沈慶京1億元交保、應曉薇3千萬元交保及李文宗2千萬元交保，4人均佩戴電子腳鐐進行科技監控，且全限制出境、出海，北檢已表明將再提抗告。
雖然檢方未能說服法官接押柯文哲，加上關鍵帳房許芷瑜潛逃遭通緝，外界以為重挫檢方士氣，但包括高院及北院的2份裁定書，都已認可檢方偵查完備及柯文哲等被告犯嫌重大，即便柯等人未繼續收押，恐仍難逃遭重判的命運，加上院方勢必密集審理京華城及民眾黨政治獻金二大弊案，逼得柯不得不在法庭表態要辭黨主席，並尋求黃國昌幫忙。
除了漫長的官司之路，柯文哲在北市長任內的弊案，也持續面臨追訴，由中工集團拿下、得標金額超過百億元的台北市第一果菜及魚類市場改建案（即魚果市場案），即由北檢加速偵辦中。
由於柯文哲在流標前明確裁示「減項發包及追加預算」，遭議員質疑用意恐在規避議會監督，加上他前後僅花4個月就完成125億元招標案，除了速度快得驚人，讓不少藍綠民代瞠目結舌，更質疑他為連任之路及和建商打好關係，至於有無涉不法，有待司法查明。
