1997年7月16日，國民大會通過凍結省級選舉的第四次修憲，帶領台灣發展的政治引擎—台灣省政府從此熄火。與阿扁同時當選1994年省市長的宋楚瑜成為「末代省長」。凍省是時任總統李登輝所主導，除讓台灣三級行政體制簡化為兩級，既解除宋省長「葉爾欽效應」的威脅，也是李登輝「去中國法統」的重要里程碑。但也同時把省府門戶的大台中從繁榮凍到沒落。台中人何其無辜，竟成為李登輝與宋楚瑜惡鬥的受害人！
2000年總統大選，從台北到台中，沒有高鐵，也沒有行政專機，趕行程全靠搭乘水湳機場的螺旋槳小飛機。不只班機常延誤甚或取消，飛機降落前低空飛過現在七期重劃區的上空航道，搖晃得很厲害，看下去全都屋頂，阿扁坐得心驚肉跳，幾次下來，終於給自己一個政治任務，一旦有幸當選總統，一定要把水湳機場遷走，這是大台中的三個第三，「中部國際機場」的發想緣由。
中科從無到有 效率破紀錄
30年前的阿扁市府團隊，個個驍勇善戰。曾任民政局長、首推「櫃台降低，微笑奉茶」的台灣「戶政改革之父」前祕書長陳哲男，馬上被台南市政府挖角出任副市長；有名的嘉年華無殼蝸牛社運推手，成功翻轉台北市貌，有政治頑童點子王之稱的前都發局長張景森，則被延攬出任台中市副市長，繼續發光發熱。張景森在副市長任內，1999年底幫台中市政府擬定「第三次都市發展策略」，強調「三個第三」：第三個直轄市、第三個科學園區、第三個國際機場，後來成為阿扁2000年競選總統的重大政見。
台灣科技發展除了新竹科學園區及台南科學園區外，有沒有興建中部科學園區的需求？反對聲浪認為北有已進入第三期的竹科，南有1996年動工、2001年二期擴充的南科，都還在開發中，會否因中科的闢建而影響竹科與南科發展？基於水漲船高，有競爭就有進步理論，又可平衡南北，把大台中因凍省而沒落下去給追補回來，阿扁執意開發第三個科學園區—中科，如今南科的發展結果，證明一點都不受中科設立的影響。
早在1999年初國科會已擬具「設置科學園區總體環境分析之研究」，但未推動中科。直到面板大廠友達光電2000年尋覓新一代TFT-LCD建廠的設置地點，當時竹科已經飽和，友達光電因此求助行政院，副閣揆林信義提出政府準備開發中科的願景，當友達同意進駐中科時，中科的開發即正式啟動。此外抽樣調查也顯示竹科、新竹工業區、台中工業區、潭子加工出口區等高科技廠商，超過六成廠商樂意到中科投資設廠。
為推動設置中部科學園區，2000年12月行政院第2714次會議就通過，於適當地點設置核心園區，並建設鄰近衛星園區，形成高科技產業聚落，適時推動中部科學園區之籌設。2001年5月7日行政院再通過「綠色矽島建設藍圖」政策，2001年6月國科會科管局完成「設置中部科學園區可行性研究」。
2002年9月23日行政院正式核定中部科學園區籌設。在中央與地方同心協力下，採公共工程與廠商同步建廠、同步施工方式，從籌設計畫核定、掛牌至工程開工僅10個月又5天，2003年7月28日開放廠商進駐，創下科學園區開發破紀錄的效率。由於廠商投資進駐踴躍，新增后里園區的籌設推動亦自行政院2005年6月27日核定籌設計畫，至2006年3月31日廠商建廠為止，再創9個月又4天的開發新紀錄。2004年10月27，中科園區友達光電正式對外營運，自建廠至正式營運僅花1年又3個月，再寫下科學園區開發的歷史新頁。
天底下沒有不可能的事。從中科的發想，到擇定台中縣市交界西屯大雅的甘蔗園，開發成一地難求的鑽石地，如今園區包含台中園區、虎尾園區、后里園區、二林園區及中興園區。不只以領頭羊之姿帶動中部的科技產業發展，也救了大台中、重拾昔日榮景。隨著就業人口成長，台中市後來居上，超越高雄市成為全國第二大都會。
遷移水湳機場 成國際門戶
台中水湳經貿園區面積約250公頃，被稱為以智慧、低碳、創新為核心的「台中城市之肺」。核心建設包括中央公園、台中綠美圖、水湳轉運中心、國際會展中心及流行影音中心等。這是阿扁2008年卸任總統前送給時任市長胡志強最好的禮物。在那之前，水湳機場四周都是陸海空三軍與漢翔的營區基地及維修廠，也是在阿扁一聲令下，6個月內全都搬走清空交給地方政府規劃使用，歷經胡志強、林佳龍、盧秀燕市長先後接續擘劃開發，已有不錯的成果。
水湳機場位於市區，為了飛安，航道下的禁限建阻礙都市發展，必須解禁。加上阿扁上任後高鐵開始動工，一旦通車，台北到台中車程僅約45分鐘，準時舒適又安全，不用提早check in ，也不會delay或臨時取消班次，相信除了離島或東部，旅客搭乘國內航線的意願將大大降低。還有，兩岸三通直航是擋不住的未來趨勢，阿扁認為台中將是兩岸直航的第三個通航口岸，一定要超前部署預作準備。遷移水湳機場到清泉崗軍用機場，跑道採軍民兩用，從國內機場走向國際機場的第一步，成為阿扁要親自拜託軍方配合支持的挑戰。
阿扁深知李前總統想做而軍方不配合的過往。清泉崗軍用機場是台灣海拔最高的機場，日治時代興建，冷戰時期由美軍協防擴建成今日規模，曾是美軍在遠東地區僅次克拉克空軍基地的最大機場。由於水湳機場位在台中市區，影響西屯北屯的都市建設發展，老李曾有將水湳機場遷至清泉崗的規劃，都被軍方以影響飛航訓練為由打了回票。
阿扁請來時任參謀總長湯曜明，將清泉崗機場最大張地圖鋪在總統辦公室地毯上，共同找出可以讓出興建民用航空站的位置，並遊說軍方支持經濟發展，才能力挺國防建設。2002年11月11日，行政院核定同意清泉崗機場興建中部國際機場第一期工程。2003年9月4日開始興建。2004年3月5日，水湳機場台中航空站搬遷至清泉崗機場，中部國際機場第一期工程啟用，水湳機場民用航空業務停止運作。2009年，民航局再斥資39億元進行中部國際機場擴建改善工程，國際航廈第二航廈2013年4月10日正式啟用，2016年8月交通部核定更名為「台中國際機場」。
台中縣市合併 奠升格法源
中國人口超過14億人，台灣人口不到2350萬人；中國面積約960萬平方公里，台灣則為3.6萬平方公里左右。但大中國直轄市也不過才4個，包括北京市、天津市、上海市及重慶市。小台灣直轄市卻高達6個，除阿扁總統就任前已有的北高兩市，馬英九任內再增加4個。2010年一口氣增加新北市、台中市、台南市；2014年再增加桃園市。
阿扁主張台灣這麼小，不應該有大中國的幻想，還停格在35省、蒙古西藏兩地方的舊時代。台灣若要增加直轄市，頂多一個就是台中市，完全是南北平衡不忘中台灣的基本思維。沒想到馬英九上台卻從二都增加到六都，通通有獎，這對其他非直轄市的多數縣市是非常不公平的，小小的台灣淪為「一國兩制」，再分一等國民、二等國民！？
而第三個直轄市台中市，究採台中縣市合併升格，還是原有台中市單獨升格，主客觀條件及選舉政治利益的考量各有不同，遲遲沒辦法定案。阿扁主張應該縣市合併才能一勞永逸，否則一時反對的一方將來一定會後悔。不過話說回來，地方議會的意見還是最重要的，縣市議會談好升格方案，中央政府都會全力支持，行政院先將升格直轄市的遊戲規則完成立法，大家照規章走就是了。
2002年11月台中市議會作成決議：「同意台中市升格為直轄市，升格方式請中央決定。」台中縣議會2002年12月跟進通過議決：「建請中央儘速推動台中縣市合併升格直轄市」。2003年2月12日台中市長暨縣長與游錫堃院長見面後，政務委員葉俊榮代表游院長針對行政區劃法草案提出「優先立法，全盤規劃，積極推動」三原則，並將儘速推動立法，以縮短城鄉差距。2003年4月11日行政院游院長視察台中市建設，台中市長協同台中市議會張議長聯手爭取升格直轄市，游院長做成結論：「台中縣市合併升格院轄市是陳總統既定政策，行政院已優先立法，全盤規劃，積極推動」。2007年9月26日行政院會通過「行政區劃法草案」送立法院審議，此一法案賦予縣市合併升格為直轄市的法源。
2009年4月3日，立法院三讀通過《地方制度法修正案》，10天後，台中縣、市政府共同協商的「台中縣市合併升格直轄市改制計畫書」拍板定案。2009年6月23日「台中縣市合併改制直轄市」一案經內政部審查通過，7月2日再經行政院會決議通過。地方殷殷期盼的縣市合併升格，終於在2010年底改制成功。
施政不忘中部 推三個第一
繼提出並推動大台中的三個第三之後，阿扁心想：為什麼大台中只能拿第三，不能拿第一？爰再提出大台中的三個第一：第一條東西向的高速公路—國道六號、第一條台中台鐵高架化—豐原到大慶，和第一座國際級博物館—古根漢美術館。
南投位處台灣的心臟地帶，也是台灣的觀光大縣，交通建設卻因多山顯得非常有限。南北向的重大交通建設，除國三有一小段經過竹山，國一、高鐵、西濱全跟南投無緣。阿扁曾跑過南投深入埔里的選舉行程，主要沿著烏溪河谷的台十四線，路狹車多，不只塞車嚴重，交通事故也多，如何改善從霧峰到埔里的交通瓶頸並縮短行車時間，及配合921百年大震後的災後重建、經濟復興，時任交通部長林陵三親自到南投簡報。有關中橫快速道路埔里至花蓮段尚存地熱、斷層、岩爆、湧水等不確定因素尚待評估，霧峰到埔里段則可優先闢建，全長37.6公里，為全國首條加強環保生態設計的第三代高速公路，並創全國海拔最高的高速公路等紀錄，且經過車籠埔斷層的南投支線，特別設計可耐強震度高達六級。總經費331億元。預計完工後可縮短約30分鐘的車程。其中國姓高架橋，為台灣最高橋墩，高達72公尺，非常壯觀。
阿扁當場裁示埔霧國道六號高速公路的興建，並納入「挑戰二○○八：國家發展重點計畫」。2003年7月本路段建設計畫奉行政院核定，2004年1月動工，2008年1月27日愛蘭交流道到埔里端段通車，12月27日霧峰交流道到草屯交流道通車，隔年3月21日全線通車。也讓阿扁對中部特別是南投鄉親有最起碼的交待！
台鐵平面穿越台中市區，造成前、後站發展不均，並使車站地區造成大量土地無法有效利用，但台鐵地下化或高架化迭有不同意見。2000年1月，交通部核准轉交行政院審查的原計畫採市轄段地下化、縣轄段高架化至潭子站方案，總經費新台幣約604億元。2001年4月交通部邀集台中市政府等單位研商「台中市區鐵路地下化工程」相關事宜，決議朝撙節經費方向再作檢討。2003年4月經建會再邀集台中市縣政府研商台中市區鐵路局部高架案，併將潭子、豐原地區鐵路高架納為替選方案，並就工程、財務可行性、計畫自償率及效益等進行詳細評估後報核。胡市長因地下化成本高，擔心負擔不起，張景森副主委建議若採高架化經費節省一半，市府不用負擔配合款，且工程快，管理維護成本也較低，最終行政院決議將地下化改為高架化。2006年2月行政院核定「台中都會區鐵路高架捷運化計畫」。北起豐原，南至大慶，全長21.7公里，總經費372.41億元。
胡志強市長曾提出在台中市興建國際級古根漢美術館的構想，希望中央可以支持30億元經費，後來追加到50億元，阿扁二話不說，全力配合支持到底，後來因為議會有意見，改為今天的歌劇院，經費補助仍比照古根漢美術館一案，不受任何影響。
阿扁認為政府施政沒有中央與地方之分，也沒有藍綠黨派之別。政治從地方開始。回首大台中的三個第三與第一，說明了阿扁念茲在茲的「平衡南北，不能忘掉中部」，絕非政治口號，更不是選舉語言。
