根據調查，1997年9月，開學不到一個星期，剛從國小升上梧棲國中一年級的阿昌，放學後沒有如常返家，家長一開始以為他是跟同學玩耍耽擱，並沒有太在意，但到了深夜還不見人影，甚至過了幾天都沒有兒子的消息，家長很擔心，四處張貼尋人啟事，並報警協尋，警方展開搜索，卻沒有任何發現。
直到隔年春天，一位農民在學校附近的竹林挖竹筍時，掀開一塊半埋在土裡的帆布，結果赫然見到骨骸，警方獲報到場後，拉起封鎖線搜索，發現梧棲國中的校服、書包、課本都在白骨旁。由於死者可能是梧棲國中的學生，警方立刻通知阿昌的家長認屍，但因屍體早已腐化，只剩下骨骸，根本無法確認，之後經過DNA比對，才證實死者就是失蹤數月的阿昌。
阿昌的骨骸被發現後，梧棲國中學生間開始流傳「學長勒索學弟」「若不繳錢就會被活埋」的說法，很多人都曾聽過，有高年級學生會向低年級學弟收討保護費，並且對不從者動粗，阿昌的家長也曾向校方提出質疑，校方雖然有召集幾名問題學生面談，但因無人承認，也沒有直接證據，所以無法處理。
直到十多年後，田隊長整理舊案卷宗，發現筆錄裡面存在不合理的細節，包括當時有同學指稱，看到阿昌放學後，跟二名學長一起走出校園，這與黃姓、高姓學生的供詞矛盾。另外，黃姓學生在阿昌失蹤後沒多久，突然辦休學，相當可疑，因此決定重新調查。
當時二個人都已成年，他們也都否認涉案，並向警方聲稱：「畢業很久了，不記得了。」不過，警方比對當年的卷宗，發現他們的說詞前後不一，黃姓男子甚至在約談過程中多次提及：「那孩子已經走了，何必再查？」由於黃、高二人打死不認，案情始終無法突破、陷入膠著。
就在此時，警方無意間發現黃姓男子家中有供俸地藏王菩薩，認為他應該很信鬼神，所以決定帶他到阿昌的靈位上香，沒想到香煙升起時，他的雙手突然開始顫抖，隨即跪地痛哭，並且脫口說出：「對不起！是我們害的。」之後就向警方認罪，坦承與高姓男子一起殺害阿昌。
黃姓男子供稱，案發當天，他與高姓同學向阿昌索討50元保護費，阿昌交不出來，二人便騎腳踏車，將阿昌帶到學校附近的空地「教訓」，高姓同學持刀往阿昌胸口刺了2、3下，沒想到阿昌竟倒地不起，沒了呼吸心跳，2人見狀驚慌失措，最後找了一片帆布、覆蓋屍體，並將屍體合力搬到竹林中棄置，然後裝作若無其事，各自回家。
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