起訴書指出，馬英九只因與前立法院長王金平等人理念差異，對於國家或人民並無緊急危難或要處理政經上重大變故，卻逾越司法與政治應有分際，教唆黃世銘洩密，自己也將偵查機密外流，犯罪事實明確。
台北地檢署去年12月傳喚被告馬英九與證人黃世銘、羅智強及江宜樺後，早已釐清馬英九的犯罪事證，近日更是加緊訪談證人，認定馬英九具有法學博士學位，對於偵查不公開相關程序，也明白總統是憲法機關，職權並不及於司法偵辦中案件，他對公務員保密義務均非常了解，卻在2013年特偵組偵辦司法官說案期間，洩密給前行政院長江宜樺等人，並教唆當時檢察總長黃世銘洩密，黃已因洩密罪遭判刑確定。
檢察官認定，2013年8月31日聽完黃世銘報告偵查機密後，隨即將內容洩密給江宜樺及羅智強，這部分因黃世銘向馬報告案情，被法院認定洩密，已被高院判決有罪定讞，偵辦馬英九洩密案的檢察官，正是曾在2006年起訴他涉貪汙特別費的主任檢察官周士榆，檢方採用高院確定判決書見解，認定馬英九與黃世銘顯然是洩密罪的共犯結構。
