總統並於晚間7點半與行政院賴清德院長通話，並表達三點指示：一、針對事故現場盡全力搶救，確認每一位乘客都已被救出，無論傷亡情形都掌握，並請衛福部動員醫療能量協助救治傷患。二、關於事故實際原因，檢調單位儘速釐清後向外界說明，避免無謂揣測引發輿論誤會。三、針對鐵路運輸中斷，後續東部地區交通疏運問題請行政院儘速協調應變方案，確保東部地區民眾交通影響降到最低。
蔡總統也指示國軍配合現場救援需求，尤其若有需要大型機具吊運的支援等，提供相關的必要協助。總統明日上午行程也將調整，前往宜蘭醫院探視傷患。
總統府發言人林鶴明今晚表示，在得知這項意外後，總統蔡英文在第一時間透過幕僚致電交通部等單位了解事故狀況，並指示相關部門全力搶救。蔡英文也在臉書上表示，稍早在宜蘭蘇澳發生的台鐵列車翻覆意外，目前相關單位正在緊急搶救中。第一時間獲知訊息後，即指示行政院等部會儘速搶救旅客及傷患，國軍部隊也已至現場，「我們會動用一切力量，全力搶救」。
