本刊掌握，檢調正兵分三路追查，除了宜蘭地檢署持續調查普悠瑪翻車原因，台北地檢署及調查局北機站也在10月26日分別對普悠瑪的ATP及招標是否涉弊，各自分案展開調查。
本刊掌握，10月29日一上班，北檢與北機站已祕密開會討論案情，決定由北檢先行追查台鐵斥資1,700萬元加裝ATP遠端監視系統是否涉弊。
檢方初步調查，事故發生後台鐵的說法反覆，先是謊稱不知駕駛關閉ATP，對安裝ATP遠端監控系統的說法，也從最早的要故障才會顯示、普悠瑪沒有裝，再到系統不相容根本不能裝，到最後變成有裝監控系統，但沒有接上線頭，說法一變再變，充分顯示台鐵內部管理鬆散及不按標準作業程序做事的文化。
根據普悠瑪號的招標規範文件，明訂ATP隔離開關應連接行控中心，並傳送列車車號與狀態。但詭異的是，列車監造、驗收時，不但少了相關通訊設備，當時赴日本驗車的台鐵人員，也曾向台鐵高層回報普悠瑪有多項缺失，不能貿然裝船回台，後來台鐵換人再赴日本驗車，普悠瑪號才完成驗收，其中有無弊端，檢方已著手密訊相關承辦人員以釐清案情。
除了北檢緊鑼密鼓查案，北機站也著手調閱普悠瑪號2000年的招標計畫，由於台鐵前副總工程司李景村爆料，當時的台鐵機務處長何獻霖修改規範，放寬普悠瑪的橫向加速度，從0.3米每秒平方提高到0.8米每秒平方，而且當初驗收有問題，李擔心會翻車，不敢背書才退休，他只在通車初期試搭一次，從此就不敢再搭乘，這項爆料也已成為檢調調查的重點。
此外，因普悠瑪採購弊案疑雲不斷，宜檢已將事故發生後的物證及事證全部查扣，並偵訊相關人員，初步指向超速過彎是翻車的一大主因，不過，台鐵員工爆料，以翻覆車廂呈W型分布，及司機員與調度員通話，研判是普悠瑪第7車在致命彎道因故障煞車或未傾斜所致，至於司機關掉ATP而超速，應該只是翻車的次要原因。
