檢方還認為，馬英九在本案所為，既不符合總統行特權或國家機密特權，也不屬於憲法第44條權限爭議處理權之行使，難以援引為阻卻違法，相關法律見解對馬英九極為不利。
此外，檢方也認為，本案和總統「院際調解權」無關，若馬用行政特權洩漏偵查、監聽秘密，若其他總統比照辦理，將造成國家體制紊亂，希望高院作出明智判決，改判馬有罪。
以下是台灣大學教授林明昕、劉靜怡2位公法學者所出具的法律意見書全文：
法律意見書
本案有關被告前總統馬英九先生之行為，緣以臺灣臺北地方法院於民國106年8月25日所為之第一審判決（106年度矚易字第1號），認被告將國防以外秘密、通訊監察所得資料、告訴人個人資料等洩漏並利用予江宜樺、羅智強，雖構成要件該當，然係依憲法第44條行使總統權限爭議處理權而阻卻違法，為刑法上不罰之行為；檢察官不服，提起上訴。就此，總統行政特權（或國家機密特權）及憲法第44條之性質為何，相關議題又與本案究竟有何關連等，本意見書淺見如下：
壹 總統是否具有保密義務？
總統雖是我國憲法上所明定的憲法機關，但是，就其執行職務之本質而言，總統依然是應該被定性為依法令服務於國家機關而具有法定職務權限的公務員。所以，總統因執行憲法上的總統職務，而知悉國防以外應秘密之消息（亦即本件所涉及之陳榮和財產來源不明案、全民電通更一審司法關說案、證人林秀濤偵訊內容、特偵組即將召開記者會等偵查秘密），知悉通保法所規定應秘密資料（亦即本件所涉及之電話通聯紀錄與通訊監察對話內容），或者基於個資法中公務機關執行法定職務必要範圍內，而對個人資料所為之利用，因而知悉個人資料（例如本件所涉及之電話通聯紀錄和通聯對象等資料），依公務員服務法第4條第1項、通保法第18條第1項與個資法第16條之規定，均負有保密義務。
貳 依據司法院釋字第585號及第627號解釋，行政首長的國家機密特權與透過依照法律的應秘密事項，性質是否相同？
我國司法院釋字第585號解釋，是首度引進「行政特權」或「行政首長機密特權」（executive privilege）概念的解釋。釋字第585號解釋文之第1段指出：
「基於權力分立與制衡原則，立法院調查權所得調查之對象或事項，並非毫無限制。除所欲調查之事項必須與其行使憲法所賦予之職權有重大關聯者外，凡國家機關獨立行使職權受憲法之保障者，即非立法院所得調查之事物範圍。又如行政首長依其行政權固有之權能，對於可能影響或干預行政部門有效運作之資訊，均有決定不予公開之權力，乃屬行政權本質所具有之行政特權。立法院行使調查權如涉及此類事項，即應予以適當之尊重。如於具體案件，就所調查事項是否屬於國家機關獨立行使職權或行政特權之範疇，或就屬於行政特權之資訊應否接受調查或公開而有爭執時，立法院與其他國家機關宜循合理之途徑協商解決，或以法律明定相關要件與程序，由司法機關審理解決之。」
至於所涉資訊內容何指，應予以適當尊重之程度如何，行政特權之要件、範圍及適用程序等等，本號解釋並未處理，僅在理由書第7段中指出：
「行政首長依其行政權固有之權能，對於可能影響或干預行政部門有效運作之資訊，例如涉及國家安全、國防或外交之國家機密事項，有關政策形成過程之內部討論資訊，以及有關正在進行中之犯罪偵查之相關資訊等，均有決定不予公開之權力。」
換言之，這號解釋所述的總統「行政特權」概念，就憲法上的意義來說，乃是著重於憲法上的行政權首長，依行政權之固有權能，基於憲法權力分立的原則，應該享有一定程度的「資訊保留特權」，而立法權對於行政權的這項資訊保留特權，則應有一定的形成空間。
釋字第585號解釋理由書對於「可能影響或干預行政部門有效運作之資訊」，並未進一步闡釋，僅以例示方式提出了「涉及國家安全、國防或外交之國家機密事項，有關政策形成過程之內部討論資訊，以及有關正在進行中之犯罪偵查之相關資訊等」三種類型。
至於之後的司法院釋字第627號之解釋文第8段：「總統依憲法及憲法增修條文所賦予之行政權範圍內，就有關國家安全、國防及外交之資訊，認為其公開可能影響國家安全與國家利益而應屬國家機密者，有決定不予公開之權力，此為總統之國家機密特權。其他國家機關行使職權如涉及此類資訊，應予以適當之尊重」以上敘述，毋寧說是關於總統「國家機密特權」必要性的闡釋，而在該號解釋的理由書第11段關於「憲法並未明文規定總統之『國家機密特權』，惟依權力分立與制衡原則，行政首長依其固有之權能，就有關國家安全、國防及外交之國家機密事項，有決定不予公開之權力，屬行政首長行政特權之一部分，本院釋字第五八五號解釋足資參照， 此即我國憲法上所承認行政首長之國家機密特權」之說明，則是將總統之國家機密特權納入行政特權的下位概念中。
究其實際，前述解釋所謂「國家安全、國防或外交之國家機密事項」，在我國法制上，於總統國家機密特權概念以外，另有如國家機密保護法等，針對公務機密予以規定；至於其他法律規定應秘密的事項，亦有如通訊保障及監察法（下稱通保法）、個人資料保護法（下稱個資法）等法令予以規範。因此，兩號解釋中的機密特權，強調的只是行政首長依行政權固有之權能，對於其他憲法權力部門發動可能影響或干預行政部門有效運作之資訊取得要求時，可以予以對抗的權力，和一般法律中所規定之應秘密事項，例如國家機密保護法關於國家機密之核定、維護與解除，通保法關於監聽所得資料不得無故提供與其他機關（構）、團體或個人，個資法關於個人資料不得無故為蒐集之特定目的外利用等，均有所差異。否則我國只要行政首長直接援引行政特權進行主張即可，即無另經國會立法制訂上述法律予以規範之必要。
再者，前述解釋中的「政策形成過程之內部討論資訊」和「正在進行中之犯罪偵查之相關資訊」，從立法權與行政權兩者互相對抗制衡的角度來看，即不難理解何以「行政權之固有權能」和「影響或干預行政部門有效運作」兩者，會構成決定行政特權內容的因素，成為限制國會調查權行使的正當性判斷界限。從行政特權這個抗衡的憲政特質來看，也可以看出其和一般法律所規定的應秘密事項所要追求的目標，兩者有所差異。
然而，值得一提的是，即使兩號解釋所闡釋的行政首長的行政特權與一般法律所規定的應秘密事項有所差異，並不意味著行政首長不受一般法律規定的機密義務或守密義務所拘束。
尤其，對於行政權基於民主憲政下的權力分立與制衡原則，而使其核心領域不受其他權力拘束或介入的行政特權，必須謹慎審酌證立有效性，亦即行政特權並無絕對性可言，司法仍有相當介入空間。尤其如果是可以透過行政權遊走於非法律規範下的內部政治協商手段而相互探求取得的資訊，是否仍能直接藉「行政特權」之名，絕對排拒外界的檢視與監督，值得慎思。否則無異於透過行政特權的名目，為行政首長築起一道無形且難攻的高牆，反而有違權力分立制衡原理。
叁 總統為憲法機關，依其固有職權，於刑事個案偵查中，是否有「取得」、「處理」或「公開」檢察官偵查核心秘密（例如：刑事個案案情、後續偵查作為等）、通訊監察所得資料及個人資料等之權力？
此處的判斷關鍵，必須回到行政權以及行政首長機密特權的本質，亦即憲法權力分立制衡的原理進行檢視。本意見書認為：總統此一憲法機關，在其固有職權中，無從推導出可於刑事個案偵查中「取得」、「處理」或「公開」檢察官偵查核心秘密（例如：刑事個案案情、後續偵查作為等）、通訊監察所得資料及個人資料等之權力。尤其是從有效預測與控制行政特權之操作，以便使行政特權的發動受到憲法權力分立制衡原則的角度來看，上述大法官解釋中所稱之「可能影響或干預行政部門有效運作之資訊」判斷標準，或者其例示的「涉及國家安全、國防或外交之國家機密事項，有關政策形成過程之內部討論資訊，以及有關正在進行中之犯罪偵查之相關資訊」等，都無從推論出總統具有於刑事個案偵查中「取得」、「處理」或「公開」之積極權力，否則反而模糊或混淆了行政特權在前述憲法上的制度目的與正當性。
以美國法的比較觀點來看，就行政特權發動事由而論，無論美國司法實務上已承認總統通訊特權，抑或尚有相當爭執空間的法律執行需求，均只有在涉及行政權有效運作所需時，行政首長方得主張機密特權，從消極面向拒卻其他權力機關的介入，此處並不包括總統可於積極面向具有「取得」、「處理」或「公開」刑事個案偵查資料的權力在內。其次，行政特權的主張對象與時機，在上述大法官解釋下，僅限於對於憲法其他權力機關（例如廣義的調查權和司法調查權）發動權力之時，方得據以主張，亦難謂總統可於刑事個案偵查程序中「取得」、「處理」或「公開」刑事個案偵查資料，因為此種面向的權力主張，並不符合權力分立制衡的本旨，亦不知總統主張具有此等權力，究竟所欲對抗之對象及追求的公共利益為何。如果容許總統針對刑事個案具有上述「取得」、「處理」或「公開」偵查資料、通訊監察所得及個人資料的積極權力，不僅違反行政特權之本旨，不應列為行政特權之保護範圍內，甚至，若是承認總統具有此種近用資訊權力，可能具有容任總統以此權力干預刑事個案偵查程序與結果之風險，以及侵入其他憲法權力部門核心領域之疑慮。
以美國United Stated v. Nixon判決中強調司法刑事調查權之完整行使為例，該判決闡明，即使是行政特權，亦不得妨害司法權之行使，劃出行政特權的界限所在，針對根本不該屬於行政特權範疇的「取得」、「處理」或「公開」刑事個案偵查資料、通訊監察所得及個人資料，是否應賦予其權力內涵，恐怕更有斟酌再三且予以否決之必要。
肆 102年8月31日及102年9月4日教唆洩密並交付通訊監察所得應秘密之資料，有無法律上正當事由而得阻卻違法？
本意見書認為：就本案而言，無任何法律上正當事由而得阻卻違法。
一、行政特權／總統國家機密特權
如前所述，司法院釋字第627號解釋之解釋文第8段及理由書第12段將行政特權轉用在同為行政首長的總統，並加以演繹為總統在我國憲法上不成文的「國家機密特權」：
「...總統依憲法及憲法增修條文所賦予之行政權範圍內，就有關國家安全、國防及外交之資訊，認為其公開可能影響國家安全與國家利益而應屬國家機密者，有決定不予公開之權力，此為總統之國家機密特權。其他國家機關行使職權如涉及此類資訊，應予以適當之尊重」（解釋文第8段）
「總統於憲法及憲法增修條文所賦予之行政權範圍內，為最高行政首長，負有維護國家安全與國家利益之責任。是總統就其職權範圍內有關國家安全、國防及外交資訊之公開，認為有妨礙國家安全與國家利益之虞者，應負保守秘密之義務，亦有決定不予公開之權力，此為總統之國家機密特權。立法者並賦予總統單獨核定國家機密且永久保密之權限…。其他國家機關行使職權如涉及此類資訊，應予以適當之尊重。惟源自於行政權固有權能之『國家機密特權』，其行使仍應符合權力分立與制衡之憲法基本原則，而非憲法上之絕對權力。」（理由書第12段）
據此，總統的所謂「國家機密特權」有下列幾項特色：
1. 目的在維護國家安全與國家利益。
2. 就有關國家安全、國防及外交之資訊，負保守秘密之義務，亦有決定不予公開之權力；必要時，並及於國家機密之核定、核定之註銷、解除機密或變更機密等級（最高行政法院98年度裁字第3378號裁定）。換言之，該特權之內容在於防止機密外洩。
3. 國家機密特權應符合權力分立與制衡，而非憲法上之絕對權力；其行使，既受法律之規範，相關爭議亦不排除司法審查。
依據前開說明，本案被告之行為，與總統「國家機密特權」之本質，尚有相當距離，難以援引該特權為阻卻違法事由。換言之，本案被告以總統身分取得、處理並公開檢察官刑事個案偵查秘密、通訊監察所得及個人資料，是否屬於總統基於國家機密特權而得主張之資訊近用權力，實有相當疑義，且以否定答案為宜。即使退一步暫且承認其具有行政首長行政特權的外觀，亦難謂該權力之主張有任何具有維護國家安全或國防、外交等重大公共利益可言，並且不符合總統國家機密特權應受權力分立制衡原則拘束之本質。因此，本案被告以總統身分取得、處理並公開檢察官刑事個案偵查秘密、通訊監察所得及個人資料的各項行為，其目的既非關於國家安全、國防或外交事項，性質更不在於防止機密外洩；因此這些反而以「公開」、「利用」為內容的行為，實難稱為「國家機密特權」，當然也不可能豁免刑事上之責任。
二、憲法第44條「權限爭議處理權」
本案第一審判決援引憲法第44條作為被告系爭行為之阻卻違法事由，依據之一，乃司法院釋字第627號解釋之理由書第12段。惟查該號解釋主要涉及總統國家機密特權問題；憲法第44條的所謂「權限爭議處理權」，在該號解釋中，最多僅係說明憲法賦予總統的諸多職權之一，根本未有太多足以為論證之依據。第一審判決以此延伸，逕為本案檢討被告行為是否具有阻卻違法事由問題之基礎，非無商榷餘地。
按我國憲法第44條的所謂「權限爭議處理權」，在比較憲法例上至為罕見；學說討論以否定者多，憲政實務上更缺乏正面事例。究其原因，釋字第419號解釋理由書第12段示之甚明：
「查憲法第四十四條稱：『總統對於院與院間之爭執，除本憲法有規定者外，得召集有關各院院長會商解決之。』此一規定論者有將之比擬為元首之中立權者…。惟不論憲法本條之規定是否等同於元首權或中立權，學理上尚無定論，且所謂元首權（pouvoir royal）又稱中立權或調和權（pouvoir neutre, intermediaire et regulateur），乃十九世紀初年一、二法國學者（Clermont-Tonnerre, B. Constant）為維持在君主立憲體制之下，君主作為國家元首所保留之少許權力所提倡之學說（參看Carl Schmitt, Der Hüter der Verfassung, 3. Aufl., 1985, S. 133ff.），此種意義之中立權或調和權與日後代議民主政治發展之實情不符，而受批評為人為設想之名詞（參看Klaus von Beyme, Die parlamentarischen Regierungssysteme in Europa, 2. Aufl., 1973, S. 89.）…。中立權是否已成為現代國家憲法上之建制，猶有爭論，並未形成普遍接受之權力分立理論…。」
據此，既然我國憲法上的這一項總統職權已與現代國家憲法上之建制有所不合，也無怪乎學說與實務就此紛紛抱持保留之態度。何況我國現行憲法因增修條文大幅改動憲法本文後，總統已非純然中立、超然之元首，在政治上有逐漸超越行政院院長之趨勢，在憲法及憲法增修條文所賦予的行政權範圍內，形成釋字第627號解釋理由書所言之最高行政首長；職是，我國現制下之總統焉又能以中立、超然的身分，行使所謂「權限爭議處理權」？換言之，憲法第44條在我國現行憲政體制下，實為告朔之餼羊。縱使該條條文因未經明文廢止，而仍得視為總統的職權之一；但在解釋上，亦應嚴格其要件，視為不得已之例外，不宜擴張適用。
被告以總統身分在本案所為，應難該當憲法第44條所稱之「權限爭議處理權」。蓋憲法第44條規定：「總統對於院與院間之爭執，除本憲法有規定者外，得召集有關各院院長會商解決之。」而本案被告所擬處理之事項，則係當時立法院院長可能涉及關說的問題。準此，姑不論立法院院長疑關說之對象檢察體系是否屬於司法權；單純立法院院長對司法權企圖以關說方式介入，究竟引起立法與司法間發生何種院際爭執，實無任何事證足以說明。衡諸本案所涉事實，由於被告當時所擬處理之事務，為當時立法院院長可能涉及關說之刑事個案偵查相關事宜，就個案關說而言，其本質實難認定其屬於憲法層次的不同權力部門間產生爭議之事，亦即並非立法與司法兩個權力部門間產生任何爭執，而需要總統行使院際調解權以化解爭執。假使院際之間任何不當的關說，即得視為院際爭執，則總統依憲法第44條所具有的權限爭議處理權豈非過大？何況系爭憲法第44條所稱之「權限爭議處理權」，乃總統召集有關各院院長會商解決；如此，本案除當時行政院院長在座外，又有哪一關係院院長也同時成為會商之對象？職是，本案被告以總統身分在102年8月31日所為之行為，無論構成要件部分（院與院間之爭執），抑或法律效果部分（召集有關各院院長會商解決），均難以視為憲法第44條所謂「權限爭議處理權」的適用範圍。
綜上，我國憲法第44條的所謂「權限爭議處理權」，無論從抽象學理面而言，或從個案事實面而言，實與本案被告以總統身分所為之系爭行為無關。該行為自不能逕以總統行使權限爭議處理權為由，而阻卻違法。
三、比例原則
至本案第一審判決另提及：「被告擇以私密、不公開方式與行政院長、幕僚討論，又僅以口頭摘要轉述，並未將專案報告紙本發放閱覽，其手段尚屬適當，且為達成目的所必須，…，被告行使總統職權，尚合於比例原則」，於此直接、單獨引用「比例原則」作為類似於超法規阻卻違法事由的說明，恐怕也有再商榷的餘地。
查「比例原則」在憲法第23條的脈絡上，原則上僅適用於行使公權力的情形。雖然由於本案涉及被告有無濫用公權力的問題，而有將比例原則納入考慮的空間，但即使如此，本案仍無以比例原則來論證被告是否阻卻違法的任何可能。
蓋比例原則原僅是於個案具備一般阻卻違法事由（例如正當防衛、緊急避難等）後，始能被提出來加以檢視的一般法律原則，用以判斷該行為是否能通過適當性、必要性、狹義比例原則的衡量，而決定該阻卻違法之行為有無過當之情形。該原則本身難以獨立作為一個可直接引用的阻卻違法事由。譬如在本案情形，欲討論被告系爭行為是否符合比例原則，前提必須先行考量被告的行為本身是否落在組織法上的權限範圍（Kompetenz），並且又具有作用法的授權依據，亦即是合法的職權行使（Befugnis）。只有在此前提下，始得進一步討論該屬於權限範圍內的職權行為，目的是否正當，且其手段有無合乎比例原則的餘地。假使被告之行為，既不在其權限範圍內，且根本非合法的職權行使，而又無正當目的，則即無檢視該行為是否符合比例原則的必要。
如前所述，總統在憲法與憲法增修條文所賦予的行政權範圍內，並無干預司法的空間（欠缺「權限」），且不具取得、處理或公開刑事個案偵查秘密、通訊監察所得及個人資料的職權，則總統如此的行為，姑不論其真正目的為何，是否正當，也絕不可能單純因為被告以「私密、不公開」、「口頭摘要轉述」方式，即認屬總統職權因已合乎比例原則之行使，而存有阻卻違法的餘地。是以前揭第一審判決就此之理由，純為論證跳躍，實不足採。
伍 結語
綜上總結，被告身為總統，對於因職務知悉之刑事個案偵查秘密、通訊監察所得及個人資料，依法負有保密義務，其於本案所為，既不符合總統行特權或國家機密特權之本旨，也不屬於憲法第44條權限爭議處理權之行使，故難以援引為阻卻違法之事由，謹提出本法律意見書說明。
