不過，高等行政法院以「地方法院已裁定劉伯恩可繼續執行馬偕醫院董事長職務」等理由，駁回劉的請求。劉不服，提出抗告，最高法院於5月31日裁定抗告有理，發回高等行政法院重裁。
最高行政法院認為，高等行政法院的裁定有「重要事實漏未調查」及「理由不備」的缺失，應傳訊馬偕醫院17屆董事會成員釐清真相。另外，雖然地方法院的裁定保障劉伯恩權益，但衛福部的處分與地院的裁定並存，還是會造成「無法分辨劉的董事長身分是否合法」的混淆現象，削弱地院裁定的效力。
最高行政法院指出，地院裁定劉伯恩可繼續執行馬偕醫院董事長職務後，馬偕醫院董事會卻在5月17、28日，2次試圖召開董事會，打算選出新的董事取代劉。由此可見，地院的裁定並未受到尊重。
事實上，馬偕醫院日前曾以代理董事長蔡國明的名義，向台北地方法院聲請禁止劉伯恩行使董事長職權。不過，法院審理後，認定劉仍然是馬偕的合法董事長，5月8日駁回蔡的聲請。
地院認為，劉伯恩已針對馬偕董事長爭議，向台北地院提起訴訟，並聲請假處分，北院也分別在2月27日、4月11日裁定「禁止蔡國明行使馬偕醫院代理董事長職權」「劉伯恩在本案訴訟判決確定前，可繼續行使馬偕董事長職務，並禁止長老教會停止或解除劉的董事職務。」
地院認為，馬偕醫院的法定代理人仍為劉伯恩，馬偕以蔡國明為法定代理人聲請禁止劉行使董事長職權，沒有訴訟能力，聲請不合法，裁定駁回。
