位於台北市北投區的台北捐血中心大樓,1997年由血液基金會購地興建,占地1700餘坪,可視為全國捐血中心的旗艦級總部,市值逾8億餘元;高雄捐血中心大樓占地達2500餘坪,是基金會中樓地面績最大的捐血中心,房地市值近3億元;基金會的現金存款等流動資產及設備則約有24億餘元。
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台灣百合正義聯盟指控,從國民黨蔡培火、何應欽等過去政要擔任捐血運動協會理事到前副主席吳伯雄、葉金川擔任血液基金會要職的脈絡,可推論血液基金會長期由國民黨勢力壟斷台灣的捐血事業,政府對資金流向也放任不管,任由血液基金會將收入用來買屋置產,不免讓外界有「賣血買屋」的聯想,呼籲政府介入調查並收歸國有,以利血液基金會透明化。
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主管台灣血液基金會的衛生福利部醫事司指出,依據《醫療機構設置標準》規定,並未限定捐血中心僅能由台灣血液基金會獨門經營,只要是符合《醫療機構設置標準》中所規定的公立醫療機構、醫療財團法人資格,均可設置捐血中心。
但目前國內並未有第二個捐血中心,醫事司指出,血液基金會每年都有將財務報表送交衛福部核備,至於基金會是否應將收入用以更新設備?能否購買房產?基於財團法人自治的原則,只要符合法律規定,對於血液基金會的資金運用情形,政府不會介入太多,如此監督稽核機制行同虛設。