歷經43年，捐血運動協會經過幾次更名。1986年《醫療法》實施，將捐血事業定位為醫療保健機構，為了因應新法規，捐血運動協會於1990年捐助設置「財團法人中華民國捐血事業基金會」，首任董事長郭驥即是在1962年代表國民黨，向民間買下目前引發黨產爭議的國發院舊址土地的人。
而當時原捐血運動協會所屬台北、台中、台南、高雄四個捐血中心也同時改隸屬於基金會，1991年後，基金會又相繼成立花蓮及新竹捐血中心，目前已有6個捐血中心及基隆、板橋、宜蘭、桃園、雲林、埔里、屏東、馬公等共12個捐血站。
直到2008年，「財團法人中華民國捐血事業基金會」才又改名成為現在的「醫療財團法人台灣血液基金會」，不但接收所有捐血中心資產，體質上仍維持國民黨要員掌控，目前董事長是「馬友友」前衛生署長葉金川，執行長則為前衛生署疾管局副分局長魏昇堂，基金會及協會歷任董事、理事則有前國民黨主席吳伯雄、祕書長許水德及前立委丁守中等人。
至於捐血運動協會仍存續至今，知情人士透露，1990年後，捐血運動協會主要的任務僅是編辦「熱血雜誌」月刊，已不再負責捐血業務，1997年，台北市長陳水扁任內曾掛名擔任捐血運動協會理事，但是對捐血中心根本毫無主導力，僅是名譽性質的理事。
