今年7月初，民航局曾到遠航稽查，發現公司帳面上的現金只有6,400萬元，若扣掉必須付給中油的4,000萬元油料費用，遠航真正可以動用的現金，竟然只剩下2,400萬元。
不過，遠航光是一個月的人事成本就高達5,000萬元，還不包括其他營運費用，另外，遠航已經賣出、目前在外流通的機票，大約有2.2億元。若財務問題無法解決，遠航隨時可能跳票，不但影響飛安，也有隨時全面停飛的風險，旅客及員工的權益將受到嚴重衝擊，民航局因此下令本月底前改善。
可能就因為財務惡化，今年9月份，遠航無故取消127個航班，比率高達12％，遠遠超過取消率不得超過3％的上限，種種違規的行為，主要就是為了把每天各航班的旅客集中輸運，以減少開支，甚至還多次發生民航局尚未核定包機，遠航就搶先賣票的離譜行徑，以增加現金收入，勉強緩解公司現金餘額不足，但已令交通部官員非常頭痛。
交通部雖多次想祭出重罰，但又擔心遠航體質不佳，之前復興航空停飛已經讓離島航班捉襟見肘，萬一遠航再出現跳票或無預警停飛，恐會對離島航班造成更嚴重衝擊，因此，究竟該如何處理，至今仍猶豫不決，目前僅能敦促華信航空加速採購9架ATR，希望搶在遠航出狀況前填補航線缺口。
知情人士透露，遠航金門馬公的離島航線、兩岸二線城市航線、國際包機等，雖然都不是業界眼中的黃金航線，但遠航平均機齡超過20年的MD82/83飛機早已超過折舊年限，完全不用負擔飛機折舊費用，與其他航空公司相比，1個月就能省下數千萬元，等於是多飛一趟就賺一趟，載客量更是ATR的2.5倍，如果好好經營本業，財務不可能如此糟糕。
遠航回應：返還重整時的借款
針對財務黑洞，遠航表示，樺福集團為張綱維董事長1人獨資，本案緣為遠東航空重整期間，依法院所判重整計畫執行，由核准之投資人借款用於償還遠航原積欠之重整債務，遠航重整完成後返還投資人借款。
為配合主管機關之財務監理需要，公司依遠東航空財務暨飛安精進計畫書，已於今年9月14日呈報交通部及民航局核備。另外，遠東航空優於其他國籍航空，已完成消費者保障信託專戶的設立，並於日前呈報交通部及民航局完成核備。
民航局表示，將持續加強對遠東航空飛安與財務的監理工作，除自今年3月起限縮遠航飛行時數，並於6月、9月兩度針對遠航財務管理缺失開罰。目前遠航已提出改善計畫，民航局密切監控是否落實，以保護旅客權益。
