無礙防疫，卻耗費氣力驗抗體， 榮總胸腔科總醫師何建輝直言：「為了安撫大眾。」時值行政院長蘇貞昌公布口罩限買政策與增產計畫。何建輝認為「指揮中心不可能宣傳『你不需要天天戴，又告訴大家『你可能走在路上被感染』。」除了安內，指揮中心也以姜勝男是感染源的結果，向美國要求改正「社區感染」的標籤。
2月21日，行政院長蘇貞昌於立法院報告時指出，透過主動回溯找到白牌司機及其他感染者，擴大監測，已有效防範社區感染。加上口罩量能提升、價格平穩，「原本美國醫療專家評估台灣會是世界第二慘的國家，但台灣仍能守住第一關⋯⋯防疫表現良好，使台灣受到國際社會聲援，包含美、日、加等國家，都給予台灣爭取參與 WHO 的正當性的支持。」
蘇貞昌強調這是台灣社會團結一心的結果。但團結一心的基礎，「一部分是基於反中。」劉紹華指出，近年習近平行徑誇張，引發反彈。台灣反中力量由318反服貿運動開始累積，至香港反送中運動達到高峰，「而武漢肺炎是史無前例的疫病規模，全球化時代下，更加會以國界區分。」
武漢肺炎之始，中國反應輕慢，疫情擴張後，世界各國大規模撤僑、對中封關，台灣也在這波境外封鎖遭波及。於此同時，全球各地發生歧視亞裔行為，凡此種種，都使台灣社會重新思考「身分」問題。「台灣就搭著這風向展現公衛效率。」然效率卻建基在懸於一線的公衛環境。
3月21日晚間近7點，何建輝疲倦匆忙地走入約訪地點。他說醫師普遍一個月至少值8至10班，「值班的概念是：早上7點報到、下午5點下班後到隔天早上為值班時間。值班後還得上一完整的班，總計約32小時。」而8班是寬裕狀況，因醫師未納入勞基法，「醫院就算排20班也不違法。」
時值政府強調全力防堵境外，醫師除每日看診業務，還必須輪班負責武漢肺炎專責病房與篩檢站。為避免院內感染，護理師、傳送人員都要額外調，獨立出的人力，嚴重擠壓常規醫療。何建輝嘆，身體過勞僅是其一，「最重要是心理壓力大。」一月底他被要求負責專責病房，「但大家還沒掌握疾病怎麼傳播、致死率、臨床跟影像學表現為何，甚至不知潛伏期多長。因為家有新生兒，那週我都不敢回家。」
根據國衛院醫師林煜軒統計，疫情爆發以來，林口長庚、台北榮總與中山醫學大學等醫學中心的醫師工時嚴重暴增。以台北榮總為例，光1月27日至2月2日，住院醫師平均超時50小時。儘管後期政府呼籲民眾減少不必要的常規醫療，各大醫院3月以來的工時平均仍超時至少19小時。
成大公衛系特聘教授陳美霞感嘆，公衛體系不是只有醫療，「預防部門也非常重要。」但環境衛生或防疫因不易商品化，不若醫療部門符合資本邏輯，社會長期輕預防、重醫療，導致傳染病爆發時，醫療量能很容易過載。
根據指揮中心防疫政策，不論輕重症，一旦確診，都要於醫院隔離。其時中國疫情惡化，滯留武漢台商紛紛請願以散客模式回台。醫護人員擔憂醫療量能不足，發起拒絕台商無限制啟動包機回台訴求。
2月底，指揮中心宣布「註記」滯留湖北約1千6百名台灣人禁止回台，後續還包括陸配與陸配子女等身分的返台限制，獲部分輿論支持，但也引發歧視與國族爭議。逢甲大學財法所助理教授李東穎提醒，遷徙是憲法保障的基本權，沒有很強的公共利益不得侵害，且方法得符合比例原則。「當其他人都能從疫區返回，為何僅台商被限制？」
指揮中心回應，〈嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例〉第7條：「中央流行疫情指揮中心指揮官為防治控制疫情需要，得實施必要之應變處置或措施」便是限制依據。但李東穎認為，此條文是概括性的授權，非緊急、臨時措施不宜使用。
「《傳染病防治法》有標準措施，應先採用。否則疫情再升級、需要禁足令，我們還能使用這條文嗎？」李東穎指出，特別條例欠缺法律上相對明確的授權基礎，立法者應盡快修補漏洞。「法治的完整性才能創造行政權正當性的基礎。如果不檢討，長期會影響人民懷疑行政機關的正當性。」
又如初期因為利己主義，口罩廠商配合增產政策，瞬間被國有化、公有化，「現在部分口罩卻被用於外交。」劉紹華說她不是否定外交，「但當初基於利己原則才將民間自由財公有化，現在轉為利他原則，這個機制是需要討論的。」
呼籲思考防疫過程涉及侵害權利問題的聲音皆被忽略。尤其觸及與中國相關者，呼籲者甚至遭網軍出征。陳美霞分析，「這是防疫的全民行動所促成的共同體，但也導致執政者的意識形態在科學防疫過程中展現出來。」
