綜合日本生活家事網站《grape》與《元氣網》報導，美國科羅拉多大學波德分校一項研究發現，浴室蓮蓬頭藏有非結核分枝桿菌，可能會造成免疫力低下者肺部感染；英國曼徹斯特大學的研究也顯示，未經定期清理的浴室蓮蓬頭噴灑出來的水，可能比馬桶裡的水更髒、細菌還要多。
而蓮蓬頭主要會堆積水垢、黏液、皮脂和肥皂浮渣，要根據汙垢程度來決定哪種方式清除。「洗澡前」可先將蓮蓬頭水打開，讓大流速的水量沖洗1分鐘後再用；「洗澡後」洗澡使用後將水打開持續沖一會，並用牙刷、海綿或乾淨抹布擦拭表面，可防肥皂浮渣和皮脂汙漬附著與形成。
「每週熱水清潔」每週固定用60度以上的熱水沖洗5分鐘，以消毒殺菌，平常約40度水溫無法殺菌；「拆卸清洗」若蓮蓬頭可拆卸，就可偶爾拆下清潔，將其放入溶有檸檬酸或小蘇打的水中，浸泡約1至3小時後拿牙刷刷洗，再用流動水沖洗乾淨，最後等零件完全乾燥後重新組裝上去。
如已發現有汙垢，就用檸檬酸鈉或醋清洗，可將蓮蓬頭浸泡在檸檬酸的水中約1小時，接著用刷子輕輕擦洗，或用牙籤將小水孔中的髒汙清理出來，最後用水徹底清洗；家中無檸檬酸的話可用醋代替，但別用含有糖的蘋果醋、壽司醋和飲用醋等，要用無糖的白醋或穀物醋來清潔。
倘若蓮蓬頭已有黏液，可用小蘇打或漂白劑清潔！對於輕微汙漬，可將小蘇打粉撒在蓮蓬頭上，先用刷子輕輕擦洗，併用冷水徹底沖洗；至於頑固且較難清理的黏液，則可用漂白劑，將其浸泡在稀釋的漂白水溶液中約10至20分鐘，然後徹底清洗，以確保沒有殘留漂白劑的痕跡。
