在演出該劇時，蔡少芬正與吳奇隆交往中，2人因合作電影《還我情心》相識，隨後在拍攝TVB百集長劇《創世紀》期間感情升溫。1999年5月，被媒體拍到在颱風天牽手逛街，同年6月大方公開戀情。蔡少芬曾大方談及與吳奇隆當年就是因合作電影相識相戀，自嘲：「當年就是忘記說這句話才交往。」
蔡少芬與吳奇隆相差3歲，因為都為家人背負龐大債務，有相似背景，彼此互相扶持打氣，因而走到一起。不過2人僅交往3年，分手原因一方面聚少離多，吳奇隆當時已開始主力前往中國大陸拍戲，但蔡少芬仍留守香港；雙方性格也差異甚大，蔡少芬活潑愛分享，吳奇隆則內斂寡言，雙方矛盾漸生，最後蔡少芬主動提出分手，坦言自己在這段關係中缺乏安全感，過度依賴讓對方窒息，選擇和平分開。
後來蔡少芬受訪時稱她「無悔」這段感情，但「在錯的時間遇到對的人」；分手隔年她在拍攝劇集《水月洞天》認識了現在的丈夫張晉，當時一個是電視台當家花旦，一個只是做武打替身與武術指導的無名小咖，但張晉用專業與真誠，告白了3次才打動蔡少芬，試著與他交往。雖然因為2人的咖位戀情相差太遠，戀情多被唱衰，張晉更被譏是「軟飯咖」，但他們仍毅然於2008年走進婚姻，婚後生下2女1子，張晉也從nobody成為金像獎男配角，在陸綜《披荊斬棘的哥哥》表演唱跳更是狂圈粉，證明了蔡少芬挑老公的眼光確實不錯。
