據中山大學學生會調查，在940名學生參與的民調中，有723人（約76.9%）反對或非常反對合校，僅7.6%的學生保持中立態度，其主要原因為擔憂合併後學術聲譽可能會降低，入學成績和課程設計的差異可能影響學習質量，學生也擔心學校資源會被稀釋，且校名的辨識度會下降。
高雄大學在學生會調查，共745名學生參加調查，有641人（約86.1％）支持或偏向合併學校，9.3％反對，4.7％中立。高大學生認為，合校對就業、課程選擇及將來就業都有正面影響，但也擔心話語權的不對等，可能影響科系整合與資源分配。
另外，在合併學校的校名部分，兩校學生意見則較為相似，中山大學超過9成的學生希望保留「國立中山大學」名稱；而高雄大學也有超過半數學生支持此名稱，但也有46%的學生希望兩校名稱並列。
兩校學生會提出3點呼籲：
- 合校議題應實質且理性討論，尊重學生間不同立場，避免人身攻擊與謾罵。
- 強烈呼籲兩校校方重視學生聲音，以學生的共同福祉作為首要考量來推動合校計畫，並在進入校務會議決議前應先行展開與教職員生的充分溝通與說明，望校方可以舉辦校內座談會，傾聽校內聲音。
- 若兩校校方未能妥善解決學生提出的疑慮與需求及落實溝通程序，學生會為保障學生權益與福祉，將反對推動合校計畫。
