29日上午本刊踢爆此案後，司法院中午隨即表示這案的確違法，損及司法公正、透明形象，深感遺憾，已啟動究責程序，絕不寬貸；邱忠義隨後對司法院開戰，受訪表示一切合法，強調有「略式裁定」，這行之有年，並將責任推給書記官。
高院表示，邱忠義、受命法官陳勇松，未宣示裁定或指示書記官依裁定原本製作正本送達雙方當事人，且二度增補審理單上裁定原本內容，卻未註記其原因及時間，陳勇松法官尚指示書記官抽換電話紀錄，均違反職務上義務，並損及司法形象及人民對於司法之信賴，二人將移送法官評鑑。陪席法官蔡羽玄因完全未涉入且無疏失，不付處置；若評鑑成立認邱忠義、陳勇松有懲戒必要，可送監院彈劾或懲戒法院，處以罰俸、撤職等處分。
司法院隨後指出，關於鍾文智案加保2,000萬元未予延長科技設備監控，合議庭辦案程序違反刑事訴訟法相關規定，嚴重損及司法公正、透明形象，司法院聲明究責立場，高等法院法官自律委員會今日審議，決議建議以院長名義將邱忠義庭長、陳勇松法官請求法官評鑑委員會進行個案評鑑，展現司法機關究責決心。
司法院指出，依邱忠義庭長違失情節，他已不適合續任庭長，亦將提請人審會免兼其庭長職務。至於合議庭成員是否另涉有其他違失情事，司法院將持續瞭解，依法處置，司法院強調，深知司法的廉潔公正，乃是司法受信賴的基礎，針對少數法官違失情事，司法院始終採取絕不寬貸，從嚴處理立場，期盼各界勿以少數法官違失，否定絕大多數法官對司法的付出。
