馬英九基金會資金風暴進入司法戰場，基金會以涉嫌背信、侵占等罪名，向士林地檢署提告前執行長王光慈及國民黨副主席蕭旭岑，士檢已分案並交由經濟犯罪專組偵辦，面對爭議，王光慈日前發表聲明表示，相關款項並非基金會資產，而是捐款人指定捐贈給馬英九個人的現金，總額約330萬元，但王的聲明與蕭受訪的說法明顯漏洞百出，也讓馬辦陷入是否收受紅錢的疑慮中。
這場戰火從國安會前祕書長金聰開記者會，秀出蕭旭岑手捧百萬現金燦笑的照片達到最高潮，隨後雙方並透過媒體隔空交火，人在中國的蕭旭岑回國後馬上接受電台節目訪問，強調2024年民進黨繼續執政，有些人捐款怕被查水表，所以才不願意入帳，而是要捐給馬英九個人，王光慈也呼應這個說法，表示「這不是基金會的錢，而是捐給馬英九個人的錢。」
對於基金會委由董事薛香川、尹啟銘、李德維組成3人調查小組，認定蕭、王私吞財物「無具體及確切客觀證據」，知情人士向本刊透露，馬至今仍十分不解，「他到對岸訪問時，從未陪同的副主席張榮恭及董事尹啟銘，竟出現在蕭旭岑訪中的團員之列，可見兩人與蕭的關係。」「其中尹啟銘還負責調查蕭有無不法？」更讓馬為之氣結。
此外，馬辦提交的馬英九個人帳戶明細，清查後發現並沒有支付基金會年終獎金或尾牙相關支出紀錄，知情人士透露，蕭旭岑與王光慈甚至未曾通知或邀請馬英九出席今年基金會的尾牙。
「馬英九對3名董事組成的調查小組公正性，心裡早有數。」知情人士表示，基金會調查過程中，甚至早一步就相關金流與款項用途找蕭旭岑、王光慈了解，但兩人對部分細節始終無法完整交代，也未能清楚說明資金流向，導致馬認為僅靠內部調查已難還原真相，才會堅持將案件移送司法機關處理，且基金會的章程並無規定，內部員工如涉嫌違法，必須經董事會同意方可移送法辦。據轉述，馬曾無奈感嘆「只有司法才有能力查出他們在搞什麼！」
