前校長方文昌任期至2026年7月30日止，本月竟自行公告擔任校長，並以校長名義同步公布一、二級主管名單。經教師們投訴，教育部認為依「私立學校法」規定，校長出缺時，學校法人應於6個月內另行遴選並依法聘任；大葉大學組織規程也規定，校長出缺或無法視事時，應由董事會於副校長、教務長、研發長或教授中指派1人擔任代理校長，以維持校務正常運作。但這問題就在於，現在就連董事會成立的的正當性，也備受爭議和質疑。
據校內教師投訴指稱，該校第11屆董事會中，一位國立大學教授自2022年起，疑似未取得任職學校核發的兼職董事許可，即出任董事職務；另有3位國立大學教授於今年5月18日兼職許可屆滿前，未依法取得展延許可，卻仍於今年5月26日董事會參與第12屆董事選舉並獲當選，程序正當性令人高度質疑。
教育部知悉後，曾於6月8日去文查詢該4位國立大學董事是否未依法辦理兼職展延，經移送行政院，至今尚未做出裁定，以至於無法後續的推選校長一職。
有教師不滿方文昌「自立校長」的荒誕行徑，日前已到彰化地檢署提告方涉嫌偽造文書、背信、加重詐欺、業務侵占等罪，已由彰檢分案調查中。
