《南方時光》以曹仕翰自身成長經驗為根底，劇本在2019年動筆。「我生命中轉變最大、記憶最深刻的時候，是1996年。那一年我國三，台灣舉行第一次總統直選，又發生台海危機，父親事業也受影響。」台灣的變動與少年的茫然形成對照，兩者都一方面期待擁有自主權，一方面又對未來感到不安，使曹仕翰想用男孩的角度說一九九六年的故事。
北藝大電影研究所導演組畢業的曹仕翰，曾跨組旁聽導演易智言的編劇課，又在易智言的公司工作將近3年。曹仕翰形容，「易導是老師，又像心靈上的朋友」，編寫《南方時光》劇本時也多次和易智言討論，並邀他擔任監製。易智言會提醒曹仕翰抓住劇本節奏、主題及結構，還提出「靈魂拷問」的問題，逼他重新思考。
寫劇本的同時，曹仕翰開始書寫關於個人成長的散文，集結成《長鏡頭》一書。「除了以寫作複習記憶，我也整理老照片和家人聊天。有一次問媽媽記不記得當年『燒符水』給我喝的事，但她竟然忘了。我現在回想，覺得那是因恐懼而有的行為，因為那時她既擔憂父親的工作，又怕我出事，只能以這種非理性的方式求心安。」
後來電影企劃案申請到輔導金、也找到投資者，但開拍前卻爆發新冠疫情，只得暫停，沒想到接著投資者撤資，陷入停擺。備感失落的曹仕翰安靜沉澱後，又重修劇本。起初他因市場考量，在劇本中放入跆拳道元素，希望藉體育題材拉近與觀眾的距離，但後來決定往更個人化的方向走，專注在主角的交友、學校與家庭。
看過《南方時光》至少7、8版劇本的易智言指出，劇本從「人物」或「戲劇」的角度寫，是不一樣的。從「戲劇」來寫需要很多情節設計、也較商業化；從「人物」來寫較個人化，但人物的寫實性也提高。他強調：「第一部電影劇本應該寫最關心、在乎的事，因為原始的創作初衷可以帶你度過所有困難。如果是相對妥協的劇本，困難反而會放大。」易智言的分析，讓曹仕翰對電影從劇本、選角到製作的走向更篤定。
要刻意做「舊一點」，所以找了很多更像80年代的物件，從中取捨、拼湊出1996年的味道。
電影以國三男孩為核心，輻射向周邊的家人、朋友、師長，曹仕翰希望由素人演員飾演男主角與周遭同學、友人，選角指導於是從社群平台、甄選公告、各方推薦等管道，蒐集試鏡影片，建立人選資料庫，經曹仕翰挑選後再面談。其中不少人表現不錯，但男主角到開拍前兩個月都沒找到。心急的曹仕翰又打開資料庫觀看，發現有個男孩在試鏡影片最後說「謝謝」時，露出害羞尷尬的笑容，「那種有點不知所措的笑容，很符合電影裡少年的狀態。」而這個少年，就是後來的男主角陳玄力。
由於曹仕翰協助易智言拍攝電影《行動代號孫中山》時，曾與十幾歲的素人演員們合作，也理解台灣獨立製片的工作環境。此次獨當一面當導演，他不僅安排素人演員們上課、讓他們實地相處培養默契，還請到吳慷仁、孫淑媚等助陣；籌組班底時也遵循易智言建議—「找那些跟你一起長大的夥伴拍片，他們會是最願意幫你的人。」包括攝影詹晨智等人，都是曹仕翰拍短片時的班底，基於「革命情感」，共同完成第一部劇情長片。
為打造片中的1996年，曹仕翰與美術指導張軼峰蒐集不少資料，也發現「好的電影美術，不是凸顯美術本身，而是透過物件之間形成的平衡感，烘托時代氛圍。」曹仕翰說：「電影特別的地方在於：寫實有『真實上的寫實』與『心理上的寫實』，要讓觀眾相信，有時反而要刻意做『舊一點』，所以我們找了很多更像80年代的物件，從中取捨、一點一滴拼湊出1996年的味道。」
人物造型部分則參考90年代的流行雜誌，找出「哈日」的調性。曹仕翰表示，當時女性服裝、髮型與現在差異很大；但男性造型除西裝墊肩較大、T恤較寬鬆，主要變化不在衣服本身，而是穿著細節，例如襯衫怎麼紮進褲子，或袖子如何捲起來等。
4：3畫面讓人聯想到90年代電視螢光幕比例，有復古感覺。在呈現人物時更感到壓抑。
全片製作加宣發預算約3,000萬元，除了國片輔導金1,200萬元，並有「高雄人」、文策院、三餘創投、百景映畫公司共同投資。曹仕翰透露：「預算有限，過程滿痛苦，但也逼出很多靈感、找到方法。」像片中果貿社區的天橋後面現在蓋起高樓，和以前不同，「我和攝影指導詹晨智到現場左看右看，突然發現，從天橋底部拍過去，讓果貿成為背景，再在兩邊插旗子，視覺更凝聚，也能避開後面的高樓。」
另外，預算有限也讓曹仕翰選擇更作者風格的影像美學，例如4:3畫框與大量的長鏡頭。他認為，4:3的畫面讓人聯想到90年代的電視螢光幕比例，有復古的感覺。在呈現人物時，也更感到侷促、壓抑。而長鏡頭則完整保留人物在空間的走動、情緒，讓觀眾在一定的距離與時間移動中，觀察各種細節變化。
回顧《南方時光》6年的籌製旅程，曹仕翰說：「過程中有許多不盡人意和需要克服的部分，但我們一步一步想辦法解決，最後匯集起來，卻恰如其分地形成平衡，這是我拍電影時很有趣的發現。」
