方姓助理病逝後，台北市勞動局3月前往葉元之國會辦公室勞檢，查出並未設置職場暴力預防措施、設打卡鐘、沒有出勤紀錄等，4月底依違反《勞基法》裁罰葉9萬元，要求限期改善。方姓助理遺孀日前向本刊控訴葉元之侵害5項勞工權益，並揭露數10張亡夫生前與葉的對話截圖，控丈夫受葉言語羞辱及精神虐待。
台北市勞動局7月14日因接獲檢舉，認定葉元之辦公室未依法給付加班費、未給予特休假，已違反《勞基法》，再各裁罰2萬元，合計裁罰4萬元，兩次裁罰累積共13萬元。勞動局說明，本案是由勞工家屬向本局陳情，經查因未給付勞工平日延長工時工資，以及未給予勞工特休假，均違反《勞基法》，故於14日進行裁處。
葉元之今（22日）晚間發長文，澄清是這並非是勞動局二度前往其辦公室勞檢，而是方姓助理遺孀再度檢舉的案件，更稱他數週前已至勞動局說明，裁處也早就下來，「對於這次勞動局的裁罰，我坦然接受，並會配合改善。但裁罰的內容，我必須向所有關心我的朋友說清楚，這絕非『惡意苛扣』，而是『制度的落差』。」
第二點，葉元之聲稱，方男部分被認定的「加班」，其實都可在上班期間完成，卻未主動回覆或完成，「有時我在下班時詢問，只要他有補處理，就被認定爲加班。」他不滿曾在晚間將一份法案資料傳到群組供大家參考，方凌晨回「會去追查」就被認定加班，葉控訴方未處理，後續詢問也收到「還在找資料」的回應，直至方離職都沒處理。
第三點，葉元之強調，沒有動機也必要苛刻公費的加班費，「立法院助理的加班費是由『公費』支出，完全不需要我個人掏腰包。我沒有任何理由去苛扣這筆錢。」他只是無法苟同，在約定時間內應完成的工作，卻因個人在工作時間處理私事導致未能妥善處理、完成，甚至沒主動回報進度處理情況，這樣應該領取加班費。
「但無論如何，既然現行勞基法有這樣的認定標準，我們尊重台北市政府勞動局的裁罰，並會虛心檢討、配合改善。」葉元之認為，方男過世一事已完全被泛政治化，「例如遺孀指控我對方姓助理說，『請假要看時間』或是『請辭比請假快』。我絕對沒說過這種話，也沒必要說，但這兩句話卻被作為攻擊我的廣告文宣。」
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